Terapia czaszkowo-krzyżowa jest metodą bezpieczną i delikatną.
Istnieją jednak przeciwskazania do niej. Są to m.in.:
Wszelkie stany ostre – powypadkowe, z otwartymi ranami, tuż po udarach, wylewach, zawałach, z bardzo wysoką gorączką, moment szoku anafilaktycznego, skaczące ciśnienie krwi – raz bardzo wysokie, raz niskie.
W stanach nagłych i ostrych – należy udzielić pierwszej pomocy, zadzwonić po pogotowie – a równoważenie układu nerwowego terapią czaszkowo-krzyżową wdrażać później, w czasie zdrowienia.
Również w przypadku epizodu psychotycznego, albo aktywnych objawów schizofrenii, gdy człowiek jest kompletnie „odklejony” od rzeczywistości – nie wie kim jest, gdzie jest, ma wizje, omamy i halucynacje, albo słowotok pozbawiony sensu – terapia czaszkowo-krzyżowa nie jest wskazana.
Terapię czaszkowo krzyżową z powodzeniem można aplikować w ciąży, w stanach obłożnej choroby, w stanach terminalnych, niosąc ulgę osobie umierającej. Wspaniałe efekty przynosi też niemowlętom, dzieciom i nastolatkom, u dorosłych w stanach depresji, pobudzenia, wyczerpania. Ale nie w stanach ostrych.